Le programme CDEENA a proposé à l'origine une analyse comparative des changements dans la structure et le fonctionnement des écosystèmes du plateau de l'Atlantique nord-ouest afin de déterminer comment ceux-ci ont affecté la productivité des ressources vivantes. À cette fin, CDEENA réunit l'expertise de scientifiques de terrain et de modélisateurs pour :

(1)	Décrire les changements temporels et spatiaux,
(2)	Identifier et combler les manques importants dans la connaissance de base et
(3)	Développer des modèles pour examiner les hypothèses au niveau des écosystèmes (i.e. variation environnementale, prédation, effets de la pêche) en ce qui a trait aux changements dans la reproduction, la mortalité, la croissance et l'alimentation de la morue et autres espèces.

L'échec de la reprise des stocks de poissons de fond au cours des années '90 est expliqué par les changements dans les écosystèmes de l'Atlantique nord-ouest (e.g. changements de structure trophique), entre les périodes pré-déclin (milieu des années '80) et post-déclin (milieu des années '90), dirigés par un amalgame de variations biologique, halieutique et environnementale.
 

CDEENA s'intéresse aux cinq écosystèmes suivants :

(1) Le plateau de Terre-Neuve et du Labrador (OPANO 2J3KLNO),   (2) Le nord du golfe du Saint-Laurent (OPANO 4RS),   (3) Le sud du golfe du Saint-Laurent (OPANO 4T),   (4) L'est du plateau néo-écossais (OPANO 4VsW),   (5) L'ouest du plateau néo-écossais (OPANO 4X).

CDEENA se concentre sur les trois périodes suivantes :

(1)	Les années '70, avant l'extension de la juridiction (1977) et la reprise subséquente des stocks de poissons de fond,
(2)	Le milieu des années '80, le pic de la reprise et avant le déclin des poissons de fond au début des années '90 dans pratiquement toutes les régions,
(3)	La période actuelle où les stocks réduits de poissons de fond n'ont pas réussi à récupérer dans la plupart des régions.